La Guerra Civil estalló en un momento de especial eclosión de la investigación científica en España con el desarrollo de la Junta de Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas (nacida en 1907) bajo la dirección de Ramón y Cajal, hasta su fallecimiento en 1934, sustituido por Ignacio Bolívar y, con Blas Cabrera, como secretario. El balance de la JAE fue de 2.000 pensionados en el extranjero (29 % a Francia, 22 % a Alemania, 14 % a Suiza, 12 % a Bélgica, 23 % a otros; con un 19 % en Pedagogía, 19 % en Medicina y el resto en otras áreas de conocimiento), que dieron lugar a la denominada EDAD DE PLATA DE LA CIENCIA ESPAÑOLA, cuyas instituciones de aplicación creadas en 1910 fueron: el Centro de Estudios Históricos y el Instituto Nacional de Ciencias Físico-Naturales, con sus dos complementos necesarios: la Universidad Central, como gran centro Universitario (1932), y la Residencia de Estudiantes (1910), que fue el núcleo alrededor del cual se constituyeron diversos laboratorios de investigación. La inauguración en 1932 del Instituto Nacional de Física y Química bajo la dirección de Blas Cabrera y la visita de Einstein fueron el espaldarazo internacional a la ciencia española. En Cataluña cabe destacar el Institut d’Estudis Catalans, con Josep Trueta como el científico más significativo.
Las depuraciones académicas llevadas a cabo en Alemania desde el ascenso de Adolf Hitler provocaron en Gran Bretaña iniciativas de ayuda a los represaliados ya desde 1933. José Castillejo fue el principal colaborador de la Society for the Protection of Science and Learning (SPSL) lo que facilitó que algunos científicos españoles se trasladarán allí, como Fernando Calvet (químico orgánico), Josep Trueta (traumatólogo), Pío del Río Hortega (histólogo), entre otros; pero, al iniciarse la guerra mundial, muchos terminarán marchando a América. Severo Ochoa trabajó tres años en la Universidad de Oxford antes de instalarse definitivamente en Estados Unidos. Arturo Duperier (físico) estuvo investigando en Manchester hasta los años 50 cuando intentó volver a España. Trueta fue catedrático y director de la clínica ortopédica de la Universidad de Oxford hasta su jubilación; su labor fue especialmente reconocida por la atención de los heridos en los bombardeos alemanes en Londres. Los científicos que inicialmente intentaron quedarse en Francia, dada la evolución de la guerra mundial, terminaron dispersándose por América.
En el exilio la reorganización de los profesores universitarios se inicia en París en 1939 en la Unión de Profesores Universitarios Españoles (UPUEE) con 21 catedráticos, 2 agregados y 11 profesores de otras categorías, bajo la presidencia de Gustavo Pittaluga (bacteriólogo) y, tras la reunión de la Habana en 1943, bajo la dirección de Ignacio Bolívar (fundador del Museo de Ciencias Naturales) se traslada su coordinación a México. En 1950 ya agrupa a 184 profesores (87 en México DF, 9 en otros estados mexicanos, 16 en Argentina, 2 en Bolivia, 1 en Canadá, 7 en Colombia, 1 en Costa Rica, 11 en Cuba, 14 en EE.UU., 4 en Panamá, 3 en Puerto Rico, 8 en la República Dominicana, 3 en Uruguay, 4 en Venezuela, 12 en Gran Bretaña y 1 en Marruecos). A mediados de los años sesenta mantenía asociados todavía a 108 profesores. Esta organización gozaba de una relevante influencia social ante los organismos nacionales e internacionales.
El exilio científico fue muy numeroso en el ámbito de la Medicina, siendo alrededor de 500 los médicos que se afincaron en México entre 1939 y 1940, lo que significaba, nada menos, que un diez por ciento del total de los registrados en aquel país. El grupo de químicos y farmacéuticos alcanzó sólo en México casi el centenar. Entre los físicos, BIas Cabrera, quien enseñó Física e Historia de la Física en la UNAM, Juan Oyarzábal o el astrónomo Pedro Carrasco Garrorena se integraron en el mundo universitario de dicho país, así como lo hizo el naturalista Faustino Miranda, fundador del Jardín Botánico que lleva su nombre en México, o el biólogo Enrique Rioja. Modesto Bargalló, Antonio Madinaveitia, Francisco y José Giral entre los químicos.
El elemento integrador de la ciencia en el exilio se hizo en México alrededor de la revista Ciencia. Revista hispanoamericana de Ciencias puras y aplicadas, cuyo primer director fue Ignacio Bolívar, a quien sustituyó poco antes de su muerte BIas Cabrera, después Cándido Bolívar y finalmente José Puche. En sus páginas se recogieron artículos de premios Nobel, como Severo Ochoa o Bernardo Houssay, publicándose periódicamente durante 35 años, entre 1940 y 1975; pero, tras el primer número, se prohibió en España para evitar su influencia social, a pesar de ser de contenido exclusivamente científico.
El Consejo de Redacción de la revista estaba formado por 72 profesores de campos tan diversos como la Física, la Matemática, la Zoología, la Anatomía, la Química… Además de México, los colaboradores trabajaban desde Cuba, Nueva York, Colombia, Venezuela, Argentina, Santo Domingo… También desde Londres o París. El número inaugural salió en Ciudad de México el 1 de marzo de 1940. Sus objetivos eran difundir el conocimiento de las Ciencias físico-naturales y exactas y sus múltiples aplicaciones, mantenerse al corriente de los progresos de las diferentes áreas de la ciencia y hacerlo con un lenguaje para todos comprensible. Su meta última, se indicaba, era: «contribuir a elevar el nivel de la cultura pública». Se publicaron 294 números, el último ejemplar fue el editado el 15 de diciembre de 1975, un mes después de la muerte de Franco, dedicado al fisiólogo Augusto Pi-Suñer.
El número de artículos publicados por Ciencia fue de 10.630 en total, lo que da una idea de la ingente labor realizada. Los contenidos se dividían en: «Ciencia moderna» (148), «Comunicaciones originales» (635), «Noticias» (2.013), «Ciencia aplicada» (128), «Misceláneas» (1.057), «Libros nuevos» (2.470) y «Revista de revistas» (4.179). En conjunto, se trataron los temas siguientes: 39 % de Biología (346), 24 % de Química (218), 23 % de Medicina (214), 6 % de Geología (58), 3 % de Física (30), 3 % de Matemáticas (28) y 2 % de otros (17). Al analizar los resultados de la producción científica, destaca sorprendentemente en sentido negativo la escasa producción en el campo de la Física y la Matemática. La Física se explica porque un grupo significativo de los más destacados científicos se quedaron en Inglaterra y no marcharon a América y, además, el nivel de la Física en México no permitía formar fuertes grupos de investigación. En el caso de la Matemática el más importante era Pedro Carrasco Garrorena, que se centró en la enseñanza dando clase en varias universidades, además de presidir el Instituto Luis Vives; los otros destacados matemáticos también se dedicaron sobre todo a la enseñanza en los siete colegios creados por los exiliados.
Vamos a indicar dos ejemplos significativos de lo que les ocurrió a los que volvieron a España: Arturo Duperier y Enrique Moles.
Arturo Duperier en 1953 decidió regresar a España, a instancias del Ministro Ruíz Jiménez, creyendo que podría reincorporarse a la investigación y para ello trasladó sus propios aparatos desde Inglaterra; pero en la aduana le retuvieron todo el material durante varios años, por lo que se vio forzado a renunciar a la investigación y tuvo que completar sus investigaciones de una forma teórica, se le incorporó a la Universidad, pero no a su cátedra. Es elegido académico en la RA Ciencias Exactas, pero no llegó a tomar posesión, ya que falleció en 1959 tras una larga depresión.
Enrique Moles, catedrático de Química Inorgánica, regresó a España en 1943. Fue condenado a treinta años en 1945 y, tras salir de la cárcel por las presiones internacionales, resultó excluido de la Universidad, obligado a sobrevivir con una Farmacia; pero pudo seguir investigando en un laboratorio privado, IBYS (Instituto de Biología y Seroterapia). Sin embargo, continuó siendo invitado y reconocido en congresos internacionales, aunque tuvo que publicar en el extranjero. Enrique Moles llegó a publicar en su vida 264 trabajos en revistas científicas, sobre todo internacionales, de su especialidad.
En definitiva, a pesar de todas las dificultades, el prestigio y reconocimiento internacional de los científicos españoles de la Edad de Plata siguió siendo muy relevante durante el exilio.
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