Los distintos grupos republicanos se organizan para mantener los vínculos de sus partidarios en México: el Ateneo Salmerón edita desde el 13 de agosto de 1944 una publicación mensual denominada Izquierda Republicana, cuyo director, Luis Velasco, había sido diputado por este partido por Málaga y anterior director del periódico Vida Nueva. Giral colabora con frecuencia. Poco después hay un intento de agrupar a todos los grupos republicanos (Partido Republicano Federal, Izquierda Republicana y Unión Republicana) en la Acción Republicana Española, ARE, para lo que se realizan dos reuniones, una en la Habana y otra en Nueva York. La sede final se instala en México y Giral forma parte de su junta directiva; pero, por último, las disensiones hacen que cada grupo republicano mantenga su autonomía organizativa.
En agosto de 1943 se reúne la Junta Española de Liberación, JEL, en la Universidad de la Habana con asistencia como delegado de José Giral. Proclaman la aceptación de la Constitución de 1931 y la necesidad del derrocamiento del régimen franquista. En ella no participaron los partidarios negrinistas del PSOE. Duró hasta agosto de 1945. Editó la revista España. Giral propició junto a Diego Martínez Barrio, Gordón Ordás y Albornoz la Alianza Republicana Española, ARE, alejándose del modelo del Frente Popular.
Las actividades masónicas de Giral resultan esenciales para las relaciones entre los distintos grupos republicanos al estar tan fragmentados, mientras su influencia era muy escasa entre los socialistas. Giral, cuyo nombre simbólico era “Noble”, fue miembro de la logia Dalton número 7 de Madrid, perteneciente a la Gran Logia Regional del Centro de la Federación General del Oriente Español. Se inicia en la misma el 5 de diciembre de 1926, alcanzando la vicepresidencia de la Gran Logia Regional en febrero de 1929. Sus principales colaboradores en el Ministerio de Marina serían masones, y sus relaciones internacionales se verían también favorecidas por ello.
El 27 de agosto de 1944 se produce la vuelta de Giral a la política con su inclusión en el Ateneo Salmerón tras un discurso en el mismo. Visitaría posteriormente Puerto Rico, la República Dominicana y Cuba, dando conferencias científicas con las que se pagaba parcialmente los gastos, pero servía también para aglutinar a los antiguos miembros de Izquierda Republicana, IR.
Mantiene contacto con Obdulio Fernández, de la facultad de Farmacia, que resulta represaliado en España, ambos fueron discípulos de José Rodríguez Carracido pionero de la bioquímica española fallecido en 1928, catedrático en la Facultad de Farmacia en Madrid en 1898, decano y rector.
La opinión de la Alianza Nacional de Fuerzas Democráticas, ANFD, formada por socialistas, sindicalistas y republicanos del interior de España, estaba más por la celebración de elecciones libres que por el restablecimiento de las instituciones republicanas según sus escritos a finales de 1944.
El 25 de abril de 1945 se convoca la Conferencia de San Francisco para organizar las Naciones Unidas con la asistencia de cuarenta y cinco naciones. La delegación española mantenía tres posiciones (Álvaro de Albornoz por la JEL, Negrín y Aguirre por el PNV), pero que tenían en común conseguir que Naciones Unidas no reconocieran el régimen franquista. La CNT apoyaba a la ANFD a diferencia de la JEL.
El 17 de agosto de 1945 se reúnen las Cortes tras un decreto de extraterritorialidad de México, asistiendo 96 diputados y envían adhesión 47 de los establecidos en Francia y 69 en diversos países, después de un primer intento el 10 de enero donde consiguieron reunirse 73 y al que otros 51 mandan su conformidad. Se recuerda en esa reunión a los 127 diputados fallecidos hasta ese momento. Giral es elegido representante de la minoría de IR en las Cortes. En la sesión en México se plantea la dimisión de Negrín, que este acepta esperando su reelección. Martínez Barrio asume la presidencia de la República como presidente de las Cortes, pero encarga a José Giral la formación de un nuevo gobierno, con el objetivo de obtener la ayuda de Francia e Inglaterra, en un formato similar al que se hizo tras el golpe franquista, con Casares Quiroga. Giral intenta que en el gobierno se integre Negrín como vicepresidente y ministro de Estado, pero la facción socialista dirigida por Prieto, cuyo representante en la negociación por la minoría socialista mayoritaria es Fernando de los Ríos, le veta. Los comunistas piden en la negociación también la presencia de Negrín; al no producirse, votarán en contra.
En septiembre de 1945 el gobierno mexicano de Ávila Camacho devuelve los bienes de la República que permanecían en custodia al nuevo Gobierno de la República en el Exilio.
El gobierno Giral presenta su programa el 7 de noviembre de 1945 ante 135 diputados y bajo la presidencia de Jiménez de Asúa. En su programa se compromete a realizar elecciones libres y un referéndum sobre la forma de gobierno. Su composición es 4 de IR (Presidente: José Giral; Justicia: Álvaro de Albornoz; Hacienda: Augusto Barcia; Defensa: Juan Hernández Saravia); 1 del PSOE (Estado: Fernando de los Ríos), 1 de UR (Gobernación: Manuel Torres Campañá), 1 de ERC (Instrucción Pública: Miguel Santaló en sustitución de Tarradellas), 1 de los catalanes de ARC (Nicolau D’Olwer), 1 conservador democristiano (Ángel Ossorio), 1 del PNV (Navegación, Industria y Comercio: Manuel de Irujo), 1 de UGT (Emigración: Trifón Gómez en sustitución de Prieto), y 1 de la CNT (al final fueron 2, tras un debate interno, uno de un sector ortodoxo, el de José Peirats, del exterior, Obras Públicas: Horacio Martínez Prieto y otro más reformista del interior, Agricultura: José Expósito Leyva). Quedan fuera los comunistas y los negrinistas, a pesar de la mediación de Aguirre. De los cuales 5 estaban en Francia, 3 en Argentina, 3 en México y 1 en Norteamérica (Nueva York). Fue reconocido inmediatamente por México y enseguida por Guatemala, pero la ausencia de Negrín dificultó el reconocimiento internacional. El Gobierno se define como republicano y contrario a cualquier plebiscito sobre la forma de gobierno.
Posteriormente, el 16 de febrero de 1946, Giral se traslada a París estimando que en Europa obtendría más apoyos diplomáticos y que conseguiría ampliar la representación del exilio. El Gobierno vasco en el exilio presidido por Antonio Aguirre y el presidente del parlamento catalán José Irla le manifiestan su apoyo. Prieto se negó a la presencia de los negrinistas, que terminan expulsados del PSOE en abril de 1946. El gobierno francés pronto cerró la frontera. Las gestiones de Giral consiguieron liberar a algunos resistentes españoles detenidos en Inglaterra, pero ante la situación internacional la URSS no reconoce al gobierno republicano.
Existieron discrepancias entre José Giral e Indalecio Prieto en la evaluación de los bienes republicanos en el exilio. Inicialmente aparece una estructura de 60 funcionarios. En otra relación posterior de diciembre de 1946 figuran 207 funcionarios repartidos entre los distintos ministerios, siendo la cifra de 52 los vinculados al Ministerio de Instrucción al incluir a los profesores de los centros educativos.
En mayo de 1945 se había producido la rendición de los alemanes ante las tropas aliadas y, como consecuencia, en febrero del año siguiente, se incorpora Santiago Carrillo por los comunistas al gobierno republicano, esperando que esto ayude a su reconocimiento por la URSS, pero sólo facilita el reconocimiento de Polonia, Rumania, Yugoeslavia, Hungría, Checoeslovaquia, Bulgaria y Albania; así como Castelao por los galleguistas; Rafael Sánchez Guerra (en la cárcel hasta 1942) por la derecha republicana; los socialistas sustituyen a Fernando de los Ríos, que actúa como representante en las Naciones Unidas, por Enrique de Francisco, que asume Economía; Nicolau D’Olwer, que actúa de embajador en México, y sus funciones de Estado se incorporan a Presidencia por Giral. José Prat es nombrado embajador en Colombia y Gordón Ordás en Guatemala y Panamá en 1946. Negrín se negó a participar, ni a proponer alguno de sus partidarios.
El 2 de marzo, un grupo de 10 guerrilleros capitaneados por Cristino García (héroe de la resistencia de la II guerra mundial en Francia) fueron fusilados por el franquismo, provocando fuertes protestas internacionales. El 4 de marzo de 1946 se difunde la nota tripartita firmada por EE. UU., Inglaterra y Francia reclamando un cambio de régimen en España, lo que era coherente con el planteamiento del gobierno del exilio. El 29 de abril de 1946 Giral presenta un informe al Consejo de Seguridad de la ONU en el que afirma que España dispone de más de un millón y medio de hombres armados, entre militares, policías y falangistas, y que dedica el 60 % del presupuesto a las Fuerzas Armadas y a la represión. Las Naciones Unidas el 11 de diciembre de 1946 excluye a España y recomienda a los países que rompan sus relaciones diplomáticas con el régimen franquista. La resolución del consejo de seguridad fue unánime.
La mayor parte de los gobiernos europeos (sobre todo el laborismo inglés), así como los gobernantes de EE. UU. y los representantes diplomáticos de América Latina a finales de 1945 abogaban por un gobierno de transición en España sin signo institucional en el sentido de la nota tripartita, de forma similar a lo realizado en Bélgica e Italia. Por otro lado, los grupos republicanos insisten en primar la legitimidad republicana sobre cualquier otra opción. El 14 de octubre de 1946 se consuma la ruptura de Giral con Prieto por su política obstruccionista a su gobierno. La política de Negrín también fue obstruccionista para las gestiones de Giral.
El 9 de diciembre de 1946 la Asamblea general de la ONU por 34 a favor y 6 en contra recomienda a todos sus miembros la no exportación a España de productos alimenticios y de sus derivados, hasta que no se compruebe que no son de una inmediata necesidad del pueblo español. Giral deploró la ausencia de más sanciones económicas y más rupturas de relaciones diplomáticas. Valoró muy positivamente la intervención francesa de León Jouhaux. Los tres países que votaron a favor de Franco fueron Argentina, Santo Domingo y El Salvador con tres gobiernos dictatoriales: Perón, Trujillo y Maximiliano Martínez. Inglaterra, Holanda e Italia en cambio retiraron sus embajadores.
El régimen franquista, por medio de Juan de la Cosa, el sobrenombre del almirante Carrero Blanco, emprende una campaña de insultos contra Giral que acaba en la manifestación plebiscitaria a favor del franquismo en Madrid, plagada de carteles en su contra.
Los socialistas de Prieto retiran su apoyo al gobierno Giral, así como la UGT y la CNT, y provocan su dimisión el 27 de enero de 1947. Martínez Barrio sondea a Negrín, pero el veto de Prieto lo hace inviable. Sorpresivamente nombra a Llopis en febrero de 1947 y participan los comunistas en él, su duración fue precaria de solo seis meses.
En conjunto los movimientos políticos de la lucha antifranquista en ese momento pueden clasificarse en varios grupos: los partidarios de Prieto, los de Negrín, los seguidores del comunismo, el movimiento vasco, los dos grupos catalanes y los dos anarquistas. El gobierno Giral fuerza la disolución de la JEL promovida por el PSOE, la JSUN promovida por el PCE, la incorporación de vascos, catalanes y de la CNT, así como de las fuerzas derechistas católicas republicanas con Ossorio Gallardo y a su fallecimiento por Sánchez Guerra. Este gobierno es reconocido por diez países. 19 sin reconocerle han roto relaciones con el franquismo. Inglaterra y EE. UU. impusieron sanciones económicas a la dictadura de Franco.
Mientras tanto, Prieto en nombre del PSOE empezó a hacer gestiones para conseguir abrir una brecha entre los militares monárquicos que apoyaban a Franco. Martínez Barrio, para contrarrestarlo, encarga el gobierno de la República a Rodolfo Llopis el 9 de febrero de 1947, intentando obtener el apoyo de Inglaterra. Fracasa este intento y los socialistas salen posteriormente del gobierno republicano. En agosto de 1948 socialistas y monárquicos firman el Pacto de San Juan de Luz, con el objetivo de realizar un plebiscito, pero el pretendiente Juan de Borbón traiciona a todos y llega a un acuerdo con Franco, que ofrece la educación de su hijo Juan Carlos y en un futuro indeterminado, la monarquía.
El 4 de noviembre de 1950 la ONU levanta la condena a la España franquista, se abre la frontera francesa y comienza la segunda fase, que llega hasta 1962 con una sucesión de derrotas diplomáticas del exilio republicano.
En agosto de 1951 la UPUEE, presidida por José Giral y formada por prestigiosos profesores universitarios en el exilio, difundió un duro comunicado de protesta por las nuevas relaciones de España con la ONU.
Giral no dejó de participar en las iniciativas frente a la Guerra Fría y en los movimientos mundiales por la paz, presidiendo en noviembre de 1951 el Congreso español por la paz en México.
El 14 de diciembre de 1952 se acepta la entrada del régimen franquista en la UNESCO, el 27 de agosto de 1953 se firma el Concordato con el Vaticano, el 26 de septiembre de 1953 se establecen las bases americanas en España en el contexto de la Guerra Fría y se produce la puntilla final el 15 de diciembre de 1955 cuando España entra en la ONU, rompiendo así definitivamente su aislamiento internacional.
